Le beau rêve de Paul et Jeanne ne dura que peu de temps. La petite colonie qui survivait toujours grâce à la générosité de la Société montréalaise, siégeant en France, comprit vite qu’elle ne pourrait rester en dehors de ce qui engendrait l’apparition d’une nouvelle nation : activité commerciale, construction des édifices, le va-et-vient des étrangers, l’attaque de ceux qui refusaient de se laisser trop facilement évangéliser et l’arrivée de nouveaux colons. L’apparition des magasins et même d’un ministre des cultes avait commencé à corrompre le rêve d’apôtres de Paul et Jeanne, celui de vivre en pure cohabitation avec la nature. Aucune poussé religieuse n’échappe à l'intérêt commercial. La foi ne peut jamais exister en dehors des institutions, celles qui la protègent et qui la transforment finalement en arme. La nouvelle colonie se vit donc obligée d’accepter l’augmentation des habitations et l’arrivée des nouveaux colons en provenance de Québec et de Trois-Rivières. De l’autre côté de l’océan, la Société Notre-Dame avait elle aussi grand besoin de réformer sa propre économie, tant qu’elle n'avait ni capitaux, ni revenu. Chaque fois qu'il était nécessaire de faire un envoi à Montréal, les actionnaires français faisaient des mains et des pieds afin de ramasser l'argent par souscription volontaire et charitable. L'enthousiasme du début avait commencé à refroidir.
Dans cette petite colonie de célibataires, les gens étaient liés en confrérie, s’appelant les uns les autres frères et sœurs. Au sein de l’administration, aucune règle n’était établie par contrat écrit. Les individus avaient échappé aux galimatias des registres et des livres de comptes. Parfois, ils devaient aussi devenir des soldats pour s’opposer aux attaques de certaines tribus indigènes. La femme d’un charpentier avait été attrapée par des guerriers et torturée, en lui coupant les seins.
Au début, cette colonie fut exclusivement agricole. À partir de 1647, on donna aux colons un petit lopin de terre à leur nom, mais aussi le droit de s’adonner au commerce de fourrures. Les colons profitèrent tous de cette manne afin de se créer une petite fortune en vue de leur retour au pays. Le seul qui resta indifférent à la chasse au trésor fut Maisonneuve. En tant que gouverneur général, on lui devait un certain quota des récoltes pour assurer sa subsistance. Cependant, il cédait parfois de ses propres droits afin d’éteindre les conflits. On raconte ainsi l’histoire de Guillaume Chartier, un des colons les plus pauvres qui, n’ayant pas de quoi offrir en échange aux Indiens pour leur gibier, restait en dehors de ce commerce. Maisonneuve lui offrit alors en cadeaux les rideaux de sa propre maison pour que Guillaume, maître tailleur, coupe des vêtements et les échange contre des fourrures.
Le temps et les événements qui s’ensuivirent allaient rompre l’unité de début.
La période entre 1648 et 1653 est une période sombre pour la colonie. Les conflits entre Hurons et Iroquois jaillissent de plus belle, conflits qui menacent la sécurité des colons, entraînés dans ces rivalités. La peur déclenche une décroissance de Ville-Marie : les colons plient bagage et rentrent en France avec le premier bateau. Pour eux, la mission est accomplie, le reste ne les concerne pas. Jeanne Mance décide alors de faire un grand sacrifice : afin d’assurer la protection du fort, elle cède à Maisonneuve les 22 000 livres que leur protectrice, Madame de Bouillon, lui avait confié en 1639 pour l’Hôpital et que pour l’hôpital. Paul se met en route vers la France pour convaincre Madame de Bouillon d’accepter cette nouvelle distribution de son argent, et pour ramasser un contingent de soldats et de munitions afin d’assurer la sécurité du fort. Les deux se fiaient au bon sens de leur bienfaitrice qui devrait comprendre que, sans une armée bien dotée, le fort était menacé et pouvait même être anéanti.
Paul resta en France deux ans, une période pendant laquelle son absence fut durement ressentie dans la colonie. En 1653, il rentra à Montréal amenant avec lui cent-vingt hommes et trente femmes. L’arrivée du rédempteur fut saluée par une foule peu nombreuse, ramassée sur les berges du Saint-Laurent. Pour Jeanne, Paul a un cadeau spécial : la jeune religieuse Marguerite Bourgeoys. Il faut dire que Jeanne n’a jamais été nonne. Elle n’était qu’une infirmière laïque et l’administratrice de l’hôpital.
Entre 1653 et 1659, la colonie reprend un nouveau souffle. Les soldats assurent la sécurité des colons qui se dédient avec assurance aux travaux des champs. Ils défrichent, bâtissent et font un commerce florissant avec les Indiens, ceux qui continuent à contrôler les impénétrables forêts de l’intérieur du continent. Les gens sont occupés à nettoyer, à labourer, à bêcher, à piocher.
En 1658, c’est le tour de Jeanne de se rendre en France à la recherche des fonds et de nouveaux colons. Ce voyage représentait aux yeux de tout le monde le sacrifice suprême de cette femme : suite à une chute sur la glace, son bras se desséchait à cause des deux fractures à l’avant-bras et du poignet disloqué. Presque incapable de bouger, Jeanne décida toutefois de se mettre en route : avant de mourir, elle voulait rendre un ultime service à la mission. Madame de Bouillon, leur grande mécène, donna de nouveau 20 000 livres que Jeanne amena personnellement à Ville-Marie. Sur le bateau, elle avait probablement beaucoup réfléchi à cette dépendance des promoteurs de Paris. Pour combien de temps encore allaient-ils se laisser nourrir par ce cordon ombilical? Combien de temps une société peut-elle exister sans hiérarchie sociale ou économique?
Écroulée sous les dettes, en 1663 la Société Notre-Dame est obligée de vendre Montréal aux Sulpiciens. Ce qui allait toutefois engendrer le grand changement sera l’accession sur le trône de Louis XIV qui modifiera les règles du jeu. Montréal perd son autonomie et passe, avec Québec, sous l’ordre d’un Conseil souverain unique. Maisonneuve refuse d’accepter l’autorité du gouverneur de Québec. Cette île est à lui, c’est lui qui l’a défrichée et et y a fait bâtir les premières habitations. Il ne la cèdera pas, pas avant de livrer une dernière bataille. En conséquence, Québec organise un blocus des marchandises destinées à Montréal. En 1664, Maisonneuve est destitué de ses fonctions et renvoyé en France. La colonie entière tombe sous l’administration royale qui n’a de beau que le nom. Comment savoir à Versailles ce qui se trame dans ce pays froid, toujours sous la menace?
Après le départ de son ami et protecteur, la vie de Jeanne n’est plus qu’une longue attente de la mort. À l’Hôtel-Dieu son rôle s’atténue. Autour d’elle, les amies disparaissent. Cependant, rien ne fut aussi difficile que la peine causée par Monseigneur de Laval qui ne la lâche d’un pas. Cet homme avait toujours été agacé par l’indépendance de Montréal, cette colonie religieuse gérée par des laïcs. Il avait du mal à accepter qu’on devait l’existence de cette ville au dévouement d’un militaire et d’une infirmière qui, sans être homme et femme d’église, s’étaient dévoués à la cause des humains, avec générosité et modestie. Après le départ de Maisonneuve, Mgr. de Laval s’acharna contre Jeanne à qui il demanda de rembourser l’argent donné par Madame de Bullion au service de l’hôpital, argent que Jeanne avait donné à Maisonneuve pour financer la sécurité du fort. Personne ne put le convaincre de la justesse de cette décision. De Paris, Maisonneuve faisait de son mieux pour protéger son amie, mais en vain, car Mgr continuait, imperturbable, le procès intenté à l’administratrice.
À part ses chagrins personnels, cette femme généreuse et pieuse devait avoir beaucoup de peine à regarder ce que la colonie était devenue du jour au lendemain. Montréal vivait une époque trouble : de nouvelles mœurs étaient engendrées par la vente de liqueurs fortes, par le trafic d’armes et le commerce de fourrures qui ruinaient la confiance et la paix du début. Les nouveaux colons de Montréal mêlaient à présent la morale aux affaires, à l’exemple des Hollandais et des Anglais.
Comme son ami habitait maintenant Paris, Jeanne se mourait en silence. Ultime acte de modestie, elle nomme Mgr. de Laval son exécuteur testamentaire. À lui donc de distribuer ses modestes effets personnels, les meubles et les vêtements aux femmes de l’hôpital. Elle mourut le 18 juin 1673, à dix heures du soir, à l’âge de soixante-dix ans. Son cœur, enfermé dans un double coffre en étain, fut déposé sous la lampe du Saint-Sacrement de la chapelle de l’Hôtel-Dieu. En attendant que l’église paroissiale soit édifiée et le cœur relocalisé, un incendie réduisit en cendres les bâtiments et consuma aussi ce dépôt.
En ce qui concerne Paul Maisonneuve, une fois rentré en France, il n’alla pas au domaine de son père, dont il héritait en bonne partie. Il préféra rester à Paris, cette ville fourmillante, là où il partageait une chambre avec son domestique. Peu de temps après, il décida de voyager un peu. Il partit tout d’abord en Bretagne, pour se diriger ensuite vers Amsterdam. Ce qui retint son attention ici furent surtout les toiles d’un certain artiste peintre, nommé Rembrandt. Lorsqu’il rentra à Paris, il s’installa dans la maison des Pères de la Doctrine chrétienne, rue des Fossés-Saint-Victor. Dans le petit jardin de la cour, il fit construire une cabane à la façon du Canada afin de loger ses visiteurs montréalais de passage à Paris. Son allure costaude, sa haute taille et surtout sa peau cuivrée par la trop longue exposition au soleil ne passaient pas inaperçus au sein de la foule parisienne. Les marchands le voyaient souvent clopinant lentement dans les ruelles pavées, car il souffrait de grandes douleurs dans sa jambe gauche. Son fidèle Louis Fin, qui l’avait suivi dans son exil, partageait sa retraite. Sa vie de serviteur était tranquille, car son maître avait des goûts très modestes. Maisonneuve n’avait jamais été exigeant, et à présent il était encore plus pondéré et facile à contenter. Son seul excès était les rares moments où il faisait venir un maître luthier pour parler et l’écouter chanter. Tout comme Jeanne Mance au bord du Saint-Laurent, il se préparait en silence pour la mort. Ce qui troublait sa routine n’était que l’arrivée des délégations montréalaises, toujours en quête de fonds et de bienfaiteurs. C’est alors qu’il sortait de sa torpeur pour mettre en marche tout ce dont il était capable pour les aider. Pour célébrer leur arrivée, il se rendait lui-même chez le marchand du coin pour acheter une bouteille de vin. Il faisait même sortir de sa malle d’anciens documents où il figurait encore comme Gouverneur de Montréal. Après leur départ, il se retirait de nouveau dans sa solitude. D’une foi active, il s’habituait au détachement, à la patience. Maisonneuve mourut dans son lit garni de fourrures, comme s’il était dans une cabane au Canada. Il légua ses biens à la congrégation de Notre-Dame et aux hospitalières de l’Hôtel-Dieu de Ville-Marie.
